Il museo archeologico è stato installato in un baglio, uno stabilimento tradizionale per la produzione del vino Marsala. L'impianto è stato pienamente funzionante fino al secolo scorso. Il nome baglio deriva dal termine tardo romano vallum o ballium. L'edificio è formato da un quadrilatero di costruzioni aperte su un cortile centrale. Nei due grandi depositi per le botti, caratterizzati da arcate ogivali, sono ospitate le collezioni archeologiche.
L'esposizione
Il museo, parte del Parco Archeologico di Lilibeo, è stato scelto per ospitare la Nave Punica da guerra di Marsala così come i resti archeologici che illustrano la storia della città e dei suoi dintorni, dalla Preistoria al Medio Evo.
Lilibeo (l'attuale Marsala) fu costruita sulla punta estrema della Sicilia occidentale, di fronte alla costa nord africana. Lo stesso nome della città dimostra la sua stretta connessione con la Libia. Nell'Antichità, il sito era celebre, come sappiamo dalle fonti letterarie, per la presenza di una sorgente d'acqua dolce. L'inizio di un vero e proprio centro urbano può essere datato al 397 a.C., quando i sopravvissuti della vicina isola fenicia di Mozia, distrutta dal tiranno Dionisio di Siracusa, fondarono la città. Lilibeo divenne ben presto una rocca forte cartaginese inespugnabile, estesa su una larga area quadrangolare, protetta dal mare e da un'imponente cinta muraria, fortificata da torri.
Durante la Prima Guerra Punica, Lilibeo divenne il fortilizio difensivo più importante della potenza punica in Sicilia. Nel 241 a.C., in seguito ad un trattato di pace, la città fu consegnata ai Romani. Nel corso della Seconda Guerra Punica, i Cartaginesi cercarono di rioccuparla, ma fallirono. Tra la fine del III e l'inizio del I secolo a.C., Lilibeo servì quale base navale per l'espansione contro Cartagine. In epoca romana, la città mantenne la sua importanza come grande e ricco centro commerciale. Durante l'epoca augustea, la città divenne un municipio. Non è certo, invece, se acquisì il rango di colonia sotto l'imperatore Elvio Pertinace oppure sotto Settimio Severo. L'importanza della città è anche attestata da itinerari e carte d'epoca tarda, nelle quali Lilibeo è rappresentata come stazione di posta. All'inizio del V secolo, il centro fu saccheggiato dai Vandali. La presenza di una comunità cristiana nella città romana è documentata a partire dall'epoca di Papa Zosimo, quando fu fondata la diocesi di Lilibeo.
Le collezioni
Il museo è stato creato per la conservazione e l'esposizione della Nave Punica da guerra di Marsala. Dal 1986, ospita anche i materiali archeologici provenienti dalle campagne di scavo intraprese nell'area archeologica di Lilibeo da parte della Soprintendenza archeologica di Palermo e, dal 1987, dalla Soprintendenza di Trapani. Inoltre, il museo espone un ristretto gruppo di reperti dal Museo Regionale 'Agostino Pepoli' di Trapani e dal Museo Whitaker di Mozia.
L'esposizione
L'esposizione è organizzata secondo un ordine cronologico e topografico, ed è articolata in sezioni introdotte da pannelli didattici.